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Bollodingen liegt auf 476 m ü. M., 2 km südlich von Herzogenbuchsee und 8 km südwestlich der Stadt Langenthal (Luftlinie). Das Strassenzeilendorf erstreckt sich in der Ebene des Önztals, an der Önz nahe der Einmündung der Altachen, am nördlichen Rand des Molassehügellandes des höheren Mittellandes (Buchsiberge), im Oberaargau.

Die Fläche des 2.0 km² grossen Gemeindegebiets umfasst einen Abschnitt des nördlichen Berner Mittellandes. Der zentrale Teil des Gebietes wird von der rund 1 km breiten Ebene des Önztals eingenommen. Die Önz fliesst in ihrem mittleren Abschnitt in einem Tal, das lange Zeit am Rand des eiszeitlichen Rhonegletschers lag und als Schmelzwasserrinne diente. Die Talebene wird im Westen von der Höhe von Steinhof flankiert, von der das Oberholz (bis 535 m ü. M.) noch zu Bollodingen gehört. Nach Südosten erstreckt sich der Gemeindeboden auf die Molassehöhe des Humbergs, auf dem mit 597 m ü. M. die höchste Erhebung von Bollodingen erreicht wird. Von der Gemeindefläche entfielen 1997 7 % auf Siedlungen, 30 % auf Wald und Gehölze, 62 % auf Landwirtschaft und etwas weniger als 1 % war unproduktives Land.

Zu Bollodingen gehören die Aussensiedlung Hege (473 m ü. M.) nördlich des Dorfes und einige Einzelhöfe. Nachbargemeinden von Bollodingen sind Herzogenbuchsee, Bettenhausen, Thörigen, Ochlenberg und Hermiswil im Kanton Bern sowie Steinhof im Kanton Solothurn.